Kary dla księży, o jakich czytamy w polskiej prasie, są innego rodzaju niż te nakładane na teologów przez Kongregację Nauki Wiary. Nie pochodzą od watykańskich dykasterii, ale od miejscowych przełożonych: biskupów lub prowincjałów. Jako wierni i społeczeństwo dowiadujemy się tylko o takich sankcjach, które dotyczą działalności publicznej księży, a nie np. nadużywania alkoholu. Istnieje wiele powodów, ze względu na które kara może być nakładana, najczęściej jednak wywołują je: wypowiedzi niezgodne z nauką Kościoła, opinie, które godzą w jego dobro lub prowadzą do zgorszenia, wreszcie: okazywane nieposłuszeństwo. O tym, kto może nałożyć karę, rozstrzyga inkardynacja – zyskiwane podczas święceń (diakonatu lub prezbiteratu) przyporządkowanie do poszczególnej diecezji lub zgromadzenia zakonnego. Kodeks Prawa Kanonicznego nie dopuszcza możliwości występowania księży „tułaczy”. To właśnie ze względu na inkardynację szeroko komentowanych w mediach sankcji dla ks. Adama Bonieckiego, członka Zgromadzenia Księży Marianów, nie mógł zdjąć żaden biskup, wyznaczył ją bowiem prowincjał tego zakonu. Jednocześnie tłumaczy to fakt dotychczasowej bezkarności ks. Tadeusza Rydzyka – mimo że jego działalność publiczna już nie raz budziła kontrowersje i ściągała na siebie krytyczne uwagi hierarchów. Jako redemptorysta musi się on liczyć przede wszystkim z przełożonymi w swoim zgromadzeniu.
Kodeks Prawa Kanonicznego wylicza różne kary: od najsurowszych, jakimi są ekskomunika (wyłączenie ze wspólnoty wiernych) czy suspensa (ograniczenie pełnienia funkcji kapłańskich), po różnego rodzaju zakazy, pozbawienie sprawowanych funkcji i przeniesienie. Przewiduje także nagany i upomnienia kanoniczne.
Lustracja
Zagadnieniem, które sprowokowało największą liczbę sankcji w polskim Kościele, była lustracja. Za kluczową postać dla procesu rozliczenia się duchownych ze współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa PRL uznać trzeba ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego – do 2005 r. znanego przede wszystkim jako duszpasterz polskich Ormian, współzałożyciel i prezes Fundacji im. Brata Alberta, niosącej pomoc osobom niepełnosprawnym intelektualnie, a także jako duszpasterz nowohuckiej Solidarności w latach 80. Jak pisał we wstępie do swej książki Księża wobec bezpieki, przez długi czas nie myślał nawet o tym, by udać się do IPN-u w celu zapoznania się z aktami SB – również z własną teczką (był osobą inwigilowaną). Gdy z radia dowiedział się jednak, że w archiwach bezpieki zachowała się taśma wideo nakręcona po jego drugim pobiciu w roku 1985 (na jej podstawie stacja TVN wyemitowała reportaż pt. Zniszczyć księdza), zmienił zdanie. Spotkanie z aktami było dla niego „doświadczeniem porażającym” – wstrząsnął nim fakt, że donosicielami byli księża powszechnie znani i cenieni. Zwrócił na ten problem uwagę władz kościelnych, jednak one nie podjęły wówczas konkretnych działań. Postanowił więc zaapelować do duchownych o samooczyszczenie, ale jego wezwania do ujawnienia się byłych agentów i współpracowników SB oraz występy medialne, w których nagłaśniał sprawę, okazały się nieskuteczne. W konsekwencji rozpoczął samodzielne badania historyczne w archiwach IPN.
