W Nieznośnej lekkości bytu Milan Kundera napisał: „Życie ludzkie dzieje się tylko raz i dlatego nigdy nie będziemy mogli stwierdzić, która z naszych decyzji była słuszna, a która zła, ponieważ w danej sytuacji mogliśmy decydować tylko jeden raz. Nie dano nam żadnego drugiego, trzeciego, czwartego życia, abyśmy mogli porównać konsekwencje różnych decyzji”. A co, gdybyśmy mogli jednak zadecydować o własnym losie kilka razy? Mieć kilka szans i żyć, niczym w grze komputerowej?
Lola (Franka Potente) nigdy się nie spóźnia, ale akurat tego dnia nie stawiła się na czas na spotkanie z ukochanym. Manni (Moritz Bleibtreu) pracuje dla lokalnej mafii; podczas „ostatniej misji” potrzebował wsparcia Loli. Zdezorientowany chłopak wraca ze złodziejskiej akcji metrem i przypadkiem zostawia tam cały łup. Manni wydaje tym samym na siebie wyrok – jego szef, bezlitosny zakapior, nie wybaczy mu za żadne skarby bezmyślnej straty 100 tys. marek. Choć całą narrację napędzają tarapaty mężczyzny, Biegnij, Lola, biegnij to przede wszystkim opowieść o kochającej do utraty tchu kobiecie. Lola ma tylko 20 min (!), aby zmienić dramatyczny bieg wydarzeń, zdobyć brakującą sumę. Bohaterka nie dopuszcza do siebie myśli, że ocalenie Manniego graniczy właściwie z cudem.
Inspirując się Przypadkiem (1981/1987) Krzysztofa Kieślowskiego, Tom Tykwer stawia na strukturę wariantologiczną. Każda z postaci otrzymuje od swojego reżysera-stwórcy trzykrotną szansę na zmianę swojego losu, aby nie stać się jego zakładnikiem. Każda z postaci gra ze swoim i cudzym życiem. To, co różni jednak Lolę od Witka Długosza (Bogusław Linda), to świadomość konsekwencji własnych czynów. Przypadek odgrywa kluczową rolę w obydwu filmach, ale to Loli udaje się oszukać przeznaczenie, odnieść upragnione zwycięstwo.
Dla Kieślowskiego niezwykle istotne było ukazanie, jak ideologia wpływa na ludzkie postępowanie. Witka ciągnie za każdym razem do innego rodzaju światła, odmiennego sztandaru. Kręte ścieżki, po których kroczy odważnie młody student, noszą ślady wyborów poprzedników, różnych jego duchowych ojców. Ówczesna polska rzeczywistość ma dla Witka przygotowane gotowe moduły działania; chłopak może zrobić ostatecznie tyle, na ile „dziejowy scenariusz” mu pozwoli.
Bohaterka dzieła Tykwera pisze zaś swoją historię „tu i teraz”; nic nie jest w stanie przerwać dynamicznego, czystego pędu czerwonowłosej dziewczyny. Jej dziki maraton po Berlinie końca lat 90. staje się równocześnie symbolem nowej, wolnej Europy, która nie chce być już dzielona wysokimi murami.
Seans Biegnij, Lola, biegnij spełnia odwieczną ludzką fantazję o łamaniu praw logiki, przeciwstawieniu się bezlitosnej spirali czasu, co dałoby nadzieję na odkręcenie własnych błędów i niepowodzeń. Sam reżyser scharakteryzował napędzaną miłością Lolę w następujący sposób: „Poprzez namiętność rozdziela [ona] przestrzeń i czas. Pokonuje pozornie beznadziejną sytuację (…). Przekracza pewne granice, ponieważ nie akceptuje tego, że owe granice istnieją”.