Jak pogodzić religię i naukę? Jaka relacja zachodzi między wiarą religijną a przekonaniami naukowymi? Nie zna tego problemu starożytność, jest on obcy tradycji kultur Wschodu – Indii czy Chin. Wszędzie pojawia się głębsza refleksja filozoficzna nad naturą Wszechrzeczy, która nie jest konkurencyjna wobec tradycyjnych wierzeń animistycznych, ale stanowi raczej próbę ich mentalnego zwieńczenia, swoistej „racjonalistycznej” legitymizacji. W nurt tych poszukiwań prawdy o boskim Absolucie włączają się też dociekania, które nazwalibyśmy dziś „naukowymi”. Przykładem może tu być mistyczna wspólnota Pitagorasa. Jej celem miało być osiągnięcie szczęścia i zbawienia poprzez uzyskanie jedni z boskim Absolutem. Drogą do tego prowadzącą była nauka. Pitagorejczycy dokonali wielu istotnych dla dalszego rozwoju wiedzy odkryć, zwłaszcza w dziedzinie matematyki i astronomii. Sformułowali m. in. heliocentryczną teorię ruchu Ziemi wokół Słońca. Odkrycia te miały jednak utwierdzać boski, mistyczny charakter kosmosu i rządzących nim praw, a nie temu zaprzeczać.

Rozdźwięk między religią a nauką w cywilizacji chrześcijańskiej zaczyna się pojawiać w I tysiącleciu nowej ery, staje się prawdziwym problemem w II, by w ostatnich dekadach XIX w. doprowadzić do całkowitej demarkacji i konfrontacji tych całkiem już różnych światopoglądów. Teoretyczną konceptualizację tego procesu może nam w znacznym stopniu ułatwić teoria systemów społecznych Niklasa Luhmanna. Jego zdaniem, społeczeństwo współczesne jest konfiguracją różnych „systemów społecznych” zorientowanych wokół odrębnych aksjologii i związanych z nimi działaniami. Poszczególne, tak pojęte systemy charakteryzuje autopojetyczność, zdolność do samoreprodukcji i samouzasadnienia. Nie mogą one mieć również wobec siebie roszczeń ważnościowych. Każdy z nich ma własny, odrębny sposób uzasadnień i własną legitymizację metodologicznej poprawności. Uzasadnienie czerpią z własnych źródeł, a nie z racji przynależnych do odrębnych systemów. Takimi systemami miałyby być, zdaniem Luhmanna, między innymi religia i nauka, jak też ekonomia, sztuka, prawo itp. Proces ich formowania się był długi i żmudny, pełen momentów dramatycznych. Trwał w zasadzie…